Puerto Rico là một lãnh thổ chưa hợp nhất của Hoa Kỳ theo thể chế cộng hòa. Tất cả các quyền lực hiện tại của Puerto Rico là do Quốc hội Hoa Kỳ ủy quyền. Puerto Rico thiếu sự bảo vệ toàn phần từ Hiến pháp Hoa Kỳ vì không phải là một tiểu bang của Hoa Kỳ. Người đứng đầu nhà nước của Puerto Rico là tổng thống Mỹ.[16] Chính quyền Puerto Rico theo chế độ cộng hòa, được tổ chức theo hệ thống tam quyền phân lập gồm ba nhánh: lập pháp, hành pháp và tư pháp. Nhánh hành pháp được đứng đầu bởi thống đốc Puerto Rico, hiện nay là ngài Anibal Acevedo Vila. Nhánh lập pháp bao gồm Quốc hội Puerto Rico được chia làm hai viện: Thượng viện và Hạ viện. Người đứng đầu Thượng viện Puerto Rico là Chủ tịch Thượng viện, còn người đứng đầu Hạ viện là Chủ tịch Hạ viện (Speaker of the House) Puerto Rico. Nhánh tư pháp đứng đầu bởi Thấm phán trưởng Tòa án Tối cao Puerto Rico. Chức thống đốc và các đại biểu quốc hội được nhân dân bầu ra bốn năm một lần. Những thành viên của tòa án tối cao được thống đốc chỉ định với sự thông qua của Thượng viện.

Puerto Rico chỉ được phép có một đại biểu không có quyền biểu quyết (non-voting delegate) duy nhất tại Hạ viện Hoa Kỳ, gần đây nhất là ông Luis Fortuno. Người dân Puerto Rico không được quyền tham gia bỏ phiếu bầu tổng thống Mỹ, nhưng được phép bầu trong các cuộc bầu cử tổng thống sơ bộ (là bầu cử của các đảng phái chính trị để tìm ứng cử viên trong từng đảng). Người Puerto Rico có quyền tham gia bầu cử và tranh cử ở tại bất cứ tiểu bang nào mà họ đến sinh sống.

Từ năm 1952 đến này, chính trường Puerto Rico có sự phân chia giữa 3 đảng phái chính đại diện cho ba xu hướng chính trị khác nhau của đất nước này. Đảng Dân chủ Nhân dân Puerto Rico (PPD) muốn duy trì hiện trạng Puerto Rico với vai trò hiện nay là một lãnh thổ thịnh vượng chung thuộc Hoa Kỳ. Đảng thứ hai, Đảng Cấp tiến Mới Puerto Rico (PNP) muốn đưa Puerto Rico trở thành một tiểu bang của Hoa Kỳ còn trong khi đó, Đảng Độc lập Puerto Rico (PIP) lại muốn vùng đất này tách ra và trở thành một quốc gia độc lập. Năm 2007, một đảng thứ tư nữa là Đảng Puerto Rico cho người Puerto Rico (PPR) xuất hiện trên chính trường. Trải qua nhiều cuộc trưng cầu dân ý trong suốt 6 thập kỉ qua, người dân Puerto Rico chọn lựa giữ nguyên hiện trạng chính trị như hiện nay như một vùng lãnh thổ quốc hải của Hoa Kỳ.